Мыслей не так много.
Возможно и скорость, и воздух.
Я бы посмотрел, как сильно отличается температура обратной воды от подающей (если есть трехходовые на фанкойлах, они должны быть открыты на фанкойл, скорость вентиляторов средняя). Если скорость воды высокая, то температуры будут отличаться градуса на два-три. При высоких скоростях очень трудно удалить воздух из системы. Если нет никакого устройства, которым можно зажать расход, попробуйте отключить все фанкойлы при помощи шаровых кранов, (предполагаю, что они установлены на каждом фанкойле) оставив проток воды через самые дальние. При этом скорость воды в системе должна значительно снизится. Дальше последовательно включаем фанкойлы, двигаясь к насосной станции, и выключаем предыдущие. В принципе таким образом можно удалить воздух из системы, главное чтобы ему было куда уходить. Шум может быть вызван неправильным монтажом трубопроводов: слишком редко расположенные крепления труб, хомуты поверх изоляции (видел такое). Ну а в начале посмотрите по графику, из мануала к чиллеру, какой расход воды при вашем перепаде давлений дает гидромодуль.