При монтаже подобных трубопроводов есть понятие "протравка и промывка труб". Посмотри сборник ресурсных сметных норм №12 "Технологические трубопроводы" ГФСН 81-3-12-96, отдел 11.
В принципе заказчик прав. Можно промыть трубы кислотой (или сделать вид). Или подключить трубопроводы к временному контуру, и погонять фреон обыкновенным компрессорно-конденсаторным блоком от любого торгового холодильного оборудования с периодической заменой фильтров, фреон тоже смоет всю грязь.
Фильтры предъявить заказчику.
Успехов, cst